造成回灌井堵塞，可能是物理、化學(xué)或生物某一方面的原因，也可能是它們共同作用的結(jié)果。分析已有的實(shí)際經(jīng)驗(yàn)，可以把回灌井堵塞的原因歸納為下面六種情況（武曉峰、唐杰，1994）。

  1．懸浮物堵塞
  回灌水中的懸浮物含量過高會(huì)堵塞多孔介質(zhì)的孔隙，從而使井的回灌能力不斷減小直到無(wú)法回灌，這是圓灌井堵塞中最常見的情況。因此通過預(yù)處理控制回灌井中懸浮物的含量是防堵塞的首要因素。在回灌灰?guī)r含水層時(shí)，控制懸浮物在30mg/L以內(nèi)是一個(gè)普遍認(rèn)可的標(biāo)準(zhǔn)。

  2．微生物的生長(zhǎng)
  回灌水中的或當(dāng)?shù)氐奈⑸锟赡茉谶m宜的條件下在回灌井周圍迅速繁殖，形成生物膜，堵塞介質(zhì)孔隙，降低含水層的導(dǎo)水能力。防止生物膜的形成，主要通過去除水中的有機(jī)質(zhì)或者進(jìn)行預(yù)消毒殺死微生物的手段來(lái)實(shí)現(xiàn)。在多數(shù)用氯消毒的情況下，典型的余氯值是1-5mg/L。

  3．化學(xué)沉淀
  當(dāng)回灌水與含水層介質(zhì)或地下水不相容時(shí)，可能引起某些化學(xué)反應(yīng)。不僅可能因形成的化學(xué)沉淀堵塞水流通道，甚至可能因新生成的化學(xué)物質(zhì)而影響水質(zhì)。
  有些碳酸鹽地區(qū)通過加酸來(lái)改變水的pH值，以防止化學(xué)沉淀的生成。因化學(xué)引起的水質(zhì)問題應(yīng)視具體情況進(jìn)行具體分析。

  4．氣泡阻塞
  回灌過程中，在一定的流動(dòng)情況下，水中可能挾帶大量氣泡。同時(shí)水中的溶解性氣體可能因溫度、壓力的變化而釋放出來(lái)。此外，也可能因生化反應(yīng)而生成氣體物質(zhì)，最典型的如反硝化反應(yīng)會(huì)生成氮?dú)夂偷趸?。氣泡的生成在淺水含水層中并不成問題，因?yàn)闅馀菘勺孕幸绯?。但在承壓含水層中，除防止回灌水挾帶氣泡之外，?duì)其他原因產(chǎn)生的氣體應(yīng)進(jìn)行特殊處理。

  5．黏粒膨脹和擴(kuò)散
  這是報(bào)道最多的因化學(xué)反應(yīng)產(chǎn)生的堵塞，所以單獨(dú)列為1種。具體原因是水中的離子和含水層中黏土顆粒上的陽(yáng)離子發(fā)生交換，這種交換會(huì)導(dǎo)致黏粒的膨脹和擴(kuò)散。這種原因引起的堵塞，可以通過注入CaCI2等鹽來(lái)解決。

  6．含水層細(xì)顆粒重組
  多數(shù)回灌井在回灌過程中要進(jìn)行回?fù)P或當(dāng)作開采井，反復(fù)的抽、灌水可能引起存在于井壁周圍的細(xì)顆粒介質(zhì)的重組，這種堵塞一旦形成，很難處理。所以在此種情況下，回?fù)P的頻率不宜太高。
  回灌井的堵塞現(xiàn)象，在初期以物理堵塞（氣相、懸浮物堵塞）為主；在中期以化學(xué)沉淀堵塞（鐵質(zhì)、鈣質(zhì)鹽類沉淀堵塞）為主；在后期以生化堵塞（鐵細(xì)菌、硫酸鹽還原菌、排硫桿菌、脫氮硫桿菌等生化作用而產(chǎn)生堵塞）為主。
  在回灌井堵塞中，生物化學(xué)作用堵塞，特別是鐵細(xì)菌堵塞是經(jīng)常發(fā)生的。，一旦發(fā)現(xiàn)，回灌井的機(jī)能就基本喪失或報(bào)廢，危害極大。鐵細(xì)菌為好氧菌，能在中性或偏酸性介質(zhì)中發(fā)育，能接觸性地加速Fe2+氧化成Fe3+，從而形成Fe(OH)3沉淀，并利用這個(gè)反應(yīng)中釋放出來(lái)的能量來(lái)維持自己的生命。這種由于Fe(OH)3的聚集而使回灌井腐蝕與堵塞稱鐵細(xì)菌堵塞c  下水中所含的鐵主要以Fe(HCO3)2的形式存在，在鐵細(xì)菌的作用下，其反應(yīng)如下：

  2Fe(HC03)2+ H20+1/202→2 Fe(OH)3+ 4COz+能量鐵細(xì)菌的生長(zhǎng)條件，經(jīng)試驗(yàn)可歸納為以下幾點(diǎn)：

  1．適宜的水溫
  鐵細(xì)菌是種“嗜冷”微生物。在回灌井中最適于生長(zhǎng)的水溫在12℃以上。

  2．豐富的Fe2+
  鐵細(xì)菌以Fe2+為生。因?yàn)V水管是鐵管纏絲，易發(fā)生電化學(xué)腐蝕，溶解于地下中的大量Fe2+，可供鐵細(xì)菌生長(zhǎng)。

  3．所需的溶解氧
  鐵細(xì)菌對(duì)氧的需要不亞于Fe2+。地下水中的溶解氧一般僅1-2mg/L。但由于回灌水含較高的溶解氧，為8-11 mg/L，還有空氣混入井內(nèi)，也增加了地下水溶解氧的含量，為鐵細(xì)菌的大量繁殖提供了條件。另外，溶解氧也加速電化學(xué)腐蝕，使地下水中的Fe2+含量增加。

  4．合適的pH值
  當(dāng)pH值在8以上時(shí)，水中不含F(xiàn)e2+，間接抑制了鐵細(xì)菌的生長(zhǎng)；當(dāng)pH值在6.5-7.5之間時(shí)，最有利于鐵細(xì)菌生長(zhǎng)。

  5．共生的有機(jī)物
  從顯微鏡下鑒定可知，常有多量的有機(jī)物與之共生，故可以認(rèn)為，地下水中含有機(jī)物時(shí)，易促使鐵細(xì)菌的生長(zhǎng)。